هدف: تصاویر رزنانس مغناطیسی (Magnetic Resonance, MR) کاربرد گسترده ای در طراحی درمان برای رادیوتراپی و یا اصلاح تضعیف تصاویر PET (Positron Emission Tomography) دارند؛ اما عدم امکان تبدیل مقادیر تصاویر MR به دانسیته الکترونی، ساخت تصاویر مصنوعی را مطرح می سازد. از جمله روش های مناسب، روش های مبتنی بر اطلس است که در این مطالعه، عملکرد دو روش جداسازی استخوان بر مبنای روش اطلس برای تهیه تصاویر CT (Computed Tomography) مصنوعی، از تصاویر MR مغزی، بررسی و مقایسه شده است. مواد و روش ها: جداسازی استخوان از تصاویر MR مغزی مربوط به 43 بیمار، با استفاده از دو روش وزن دهی محلی بر مبنای اطلس (Atlas-LW (Local weighting atlas-based)) و روش تشخیص الگو بر مبنای اطلس AT-PR (Atlas) registration & Pattern recognition)، انجام شد. صحت این دو روش، برای جداسازی کل استخوان (Bone total) و قسمت قشری (Cortical bone or compact bone) آن با استفاده از پارامترهایی نظیر شباهت Dice (Dice similarity (DSC))، بررسی شد. هم چنین صحت مقادیر CT استخراج شده با استفاده از خطای مطلق میانگین (MAE) و خطای جذر میانگین مربعات (RMSE) به دست آمد. یافته ها: روش Atlas-LW با مقادیر 61/0± 79/0=DSC برای استخوان قشری و 03/0± 84/0=DSC برای کل استخوان، صحت جداسازی بیش تری را نشان داد. این مقادیر برای روش AT-PR به ترتیب از راست به چپ، 8/0± 72/0=DSC و 05/0± 77/0=DSC بود. نتیجه گیری: مقادیر خطای بهتر به دست آمده توسط روش Atlas-LW در این مطالعه، نشان دهنده توانایی بالقوه این روش به منظور استفاده در طراحی درمان و اصلاح تضعیف تصاویر PET-MR است.